有給休暇の取得後の取り消しは違法にならないのか？また、違法だった場合は労基署への相談でいいのでしょうか？

有給休暇の取得後の取り消しについては、労働基準法において明確な規定があります。労働基準法第39条により、労働者は年次有給休暇を取得する権利が保障されており、一度取得した有給休暇を会社側が勝手に取り消すことは原則として認められていません。ただし、労働者が病気やケガなどの理由で有給休暇を取得できなくなった場合や、会社側に緊急の業務が発生し、労働者の同意を得た上で有給休暇の取得を延期する場合など、特定の状況下では有給休暇の取り消しが認められることもあります。

あなたの場合、会社側のシステムの反映ミスと担当者の認識違いが原因で、本来の有給残日数と異なる日数を消化してしまったとのことです。このような場合、会社側の管理不足が原因であるため、会社側には労働者を適切に保護する義務があります。会社側が勝手に有給休暇を欠勤扱いにすることは、労働基準法に違反する可能性があります。

違法だった場合の対処法として、まずは会社の人事部門や労働組合に相談し、問題を解決することを試みることが一般的です。それでも解決しない場合や、会社側が法的な対応を拒否する場合は、労働基準監督署（労基署）に相談することができます。労基署は労働基準法の違反に対して調査を行い、必要に応じて是正勧告を行う権限を持っています。

また、労働者個人で法的な対応を希望する場合は、労働審判や訴訟を起こすことも可能ですが、これには弁護士の助けが必要となることが多いため、費用や時間的なコストがかかることを覚悟する必要があります。

結論として、有給休暇の取得後の取り消しは原則として違法ですが、状況によっては例外があります。あなたの場合、会社側の管理不足が原因であるため、労基署への相談は一つの解決策となります。ただし、まずは会社内での解決を試みることが望ましいでしょう。