裁量労働制について教えてください。雇用契約書に所定労働時間が8時間と書かれている場合、8時間を超えた分については残業代が発生すると考えてよいでしょうか？会社の社員が8時間を超えて深夜も土日も働いているのに残業代が払われていないようです。休憩時間も自由に取れるため（1時間でも2時間でもOK）、立証が難しいですが、問題ないんでしょうか。おそらく訴えても残業の指示をしていないのに勝手に残って残業をしている、休憩時間を長時間取っている、みたいなことを言われるかもしれません。

裁量労働制は、労働者が自分の裁量で労働時間を決めることができる制度です。しかし、この制度の下でも、労働基準法に基づく最低限の労働時間や残業代の規定は適用されます。具体的には、裁量労働制の場合でも、1日8時間、週40時間を超える労働に対しては残業代が発生します。また、深夜労働（午後10時から午前5時まで）や休日労働に対しても、通常の労働時間外の割増賃金が適用されます。

あなたの場合、雇用契約書に所定労働時間が8時間と書かれているにもかかわらず、8時間を超えて働いているにも関わらず残業代が支払われていないということです。これは労働基準法に違反している可能性があります。また、休憩時間が自由に取れるという点でも、労働基準法では1日6時間を超える労働に対して少なくとも45分の休憩が義務付けられています。

立証が難しいという点については、労働時間の記録やタイムカード、メールの送受信記録など、客観的な証拠を集めることが重要です。また、労働基準監督署に相談することも一つの手段です。労働基準監督署は、労働者の権利を守るための行政機関であり、違法な労働条件を是正するための調査や指導を行います。

訴える際に、「残業の指示をしていないのに勝手に残って残業をしている」という反論があるかもしれませんが、労働基準法では、労働者が業務上の必要性から自主的に残業した場合でも、使用者はその分の賃金を支払う義務があります。また、休憩時間を長時間取っているという点についても、労働基準法で定められた休憩時間を確保できていれば、問題はありません。

結論として、裁量労働制の下でも、労働基準法に基づく労働時間や残業代の規定は適用されます。8時間を超える労働に対しては残業代が発生し、深夜労働や休日労働に対しても割増賃金が適用されます。残業代が支払われていない場合は、労働基準監督署に相談することをお勧めします。