就労支援作業所A型からB型に変更される際、社長が有給休暇の消化を禁止しています。精神疾患を持つ従業員が体調不良時に有給休暇を使用したい場合、会社は有給休暇の使用を禁止することができるのでしょうか？

日本の労働基準法により、従業員は有給休暇を取得する権利が保障されています。労働基準法第39条によると、使用者は従業員が有給休暇を請求した場合、正当な理由なくその請求を拒むことはできません。この権利は、従業員が体調不良や精神的健康の維持のために必要である場合にも適用されます。

また、就労支援作業所のA型からB型への変更に伴い、有給休暇が消滅するということは法的に認められていません。労働基準法第114条により、使用者は従業員が退職する際に未消化の有給休暇について、その日数に応じた賃金を支払う義務があります。

したがって、社長が有給休暇の消化を禁止することは労働基準法に違反しており、従業員はこの権利を行使することができます。もし、社長がこの権利を侵害する行為を続ける場合、従業員は労働基準監督署に相談することができます。労働基準監督署は、労働基準法の違反に対して是正勧告を行う権限を持っています。

また、精神疾患を持つ従業員の場合、労働者災害補償保険法（労災保険法）に基づく精神障害の認定や、障害者雇用促進法に基づく支援措置も考慮する必要があります。これらの法律により、使用者は従業員の健康管理や適切な勤務環境の提供に努める義務があります。

以上のことから、従業員は有給休暇を使用する権利があり、社長の禁止は違法です。従業員はこの権利を行使し、必要に応じて労働基準監督署などの外部機関に相談することが推奨されます。