日勤の定時が9時～17時、夜勤の定時が17時～翌朝9時の場合、16:50に日勤と夜勤の業務の引継ぎを終えて交代しても、日勤の定時が17時までなので、16:50に退勤するのは違法になるのですか？上司に『交代しても17:00まで会社に居ろ』と言われたら、それは正当な業務命令になるのですか？

労働基準法に基づくと、労働者の労働時間は原則として1日8時間、週40時間を超えてはなりません。これは法定労働時間と呼ばれ、この時間を超えて労働させる場合は、36協定（時間外労働・休日労働に関する協定届）を締結し、労働基準監督署に届け出る必要があります。

ご質問のケースでは、日勤の定時が9時～17時であり、16:50に業務の引継ぎを終えて交代する場合、16:50に退勤することは違法ではありません。なぜなら、法定労働時間内であり、かつ業務の引継ぎが完了しているため、労働契約上の労働時間を超えていないからです。

しかし、上司から『交代しても17:00まで会社に居ろ』という指示があった場合、それが正当な業務命令であるかどうかは、その指示が業務上必要かつ合理的であるかによります。業務上の必要性がなく、単に会社のルールや上司の指示に従うだけであれば、それは正当な業務命令とは言えません。

このような場合、労働者は労働基準法に基づき、法定労働時間を超える労働に対しては、36協定が締結されているか、またはその時間外労働が業務上必要かつ合理的であるかを確認することが重要です。もし、それがない場合、労働者はその指示に従う必要はありません。

また、労働者が法定労働時間を超えて労働した場合、使用者はその時間に対して割増賃金を支払う義務があります。したがって、上司の指示が正当な業務命令であるかどうかは、労働基準法に基づいて判断することが重要です。